Note: This thread is related to #Coronavirus #COVID19

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OnColinology+ Your Authors @ColinGiacobi PharmD @univparissaclay / Oncology Master's student @UnivLyon1 Currently intern at @IARCWHO Le cancer est le tribut à payer pour la vie multicellulaire. VAMO Apr. 17, 2020 5 min read + Your Authors

Mini thread sur la déclaration du Pr Luc #Montaignier sur les similitudes entre certaines régions du génome du SARS-COV2 et du VIH et qui prouverait que le SARS_COV2 serrait issu d’une manipulation par l’homme.

@dr_l_alexandre
@TroncheBiais

1/
Comme expliqué dans la vidéo ces affirmations reposent sur un article scientifique (préprint) d’une équipe indienne, déposé sur la plateforme BioRxiv (plateforme où l'on peut déposer des articles scientifiques avant qu’ils aient pu être révisés par des pairs).

2/

Le papier est disponible ici :  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf 

3/
L’objectif du papier consiste à démontrer que ce qui sépare génétiquement le SARS_COV2 de son cousin le plus proche, le SARS_COV1 de 2002, est l’existence de 4 petits fragments dans le gène de la protéine S. Et que c’est 4 fragments proviendrait du VIH.

4/

La figure ci-dessous représente ces 4 fragments présent chez SARS_COV2 (2019_nCoV) et absent chez SARS_COV1 (SARS_GZO2).

Et ici leurs séquences protéiques respectives :
•"GTNGTKR"
•"HKNNKS"
•"GDSSSG"
•"QTNSPRRA"

5/

Les auteurs déclarent ensuite que ces 4 fragments étaient aussi absents chez les coronavirus de chauve-souris.

Ce qui est pour eux « surprenant » car le SARS_COV2 était supposé provenir d’un coronavirus sauvage de chauve-souris.

6/

Pour enquêter sur l’origine de ces 4 fragments unique au SARS_COV2, les auteurs décidèrent d’utiliser un outil bio-informatique appelé BLASTp.

7/

Grosso modo, cet outil permet de « scanner » le génome/protéome d’un grand nombre d’espèces pour en sélectionner des régions qui ont une forte homologie avec une séquence nucléotidique/protéique d’intérêt (ici les 4 fragments protéique).

8/
Donc les auteurs "blastent" les 4 fragments protéique.

Et là, surprise ! Les 4 fragments ont une homologie avec des protéines du VIH et les auteurs déclarent : "Cette étrange similitude entre le SARS_COV2 et le VIH-1 n’est pas probablement pas un hasard."

...🤦

9/

C’est donc ce papier qui a fait dire à Luc Montagnier, prix nobel de médecine pour la découverte du VIH, que ce SARS_COV2 est probablement un virus modifié par l’œuvre de biologiste moléculaire…

10/

C’est assez étonnant que l’info ne ressorte que maintenant via le passage TV de Montagnier car le papier date du 31 janvier.

11/

Entre temps, chose rare, le préprint a été rétracté par les administrateurs de BioRxiv suite aux nombreux commentaires d’utilisateurs qui avait souligné (à juste titre) la faiblesse des affirmations faites par les auteurs.

12/

(Je ne savais même pas que BiorXiv pouvait rétracté des préprints)
Depuis ce préprint les administrateurs ont même rajouté un bandeau informant que tout préprint en rapport avec le COVID devait être considéré avec du recul sur les affirmations qui y seraient faites.

13/

Maintenant allons voir un peu si les résultats sont vraiment fiables !
Si on refait les expériences de BLASTp sur les 4 fragments on remarque que les auteurs se sont bien arrangés avec les résultats...

14/
Pour le fragment GTNGTKR :
On retrouve une forte homologie avec le VIH, mais il y a aussi 115 autres virus qui ont une homologie similaire avec cette séquence...
On peut même y trouver un coronavirus de chauve-souris
(Et un Marseillevirus, virus géant découvert par D.Raoult)

15/

Pour le fragment HKNNKS :

On retrouve toujours une forte homologie avec le VIH, mais d’autre séquences protéiques d’autres virus apparaissent avec un même degré d’homologie
(Et encore un coronavirus de chauve-souris…)

16/

Pour le fragment GDSSSG :

Il y a tellement de séquences homologues qu’il faut aller chercher dans les 1000èmes séquences avec le plus d’homologie pour retrouver un hit avec une séquence du VIH….

Et toujours un coronavirus de chauve-souris dans le haut de la liste…

17/
Pour le dernier fragment c’est toujours la même chose des 100n d’autres virus aussi une homologie avec la séquence.
Par contre les auteurs ne sont pas très attentifs parce que j’ai réussi a trouver une séquence du VIH avec plus d’homologie que celle rapporté dans leur papier

18/

Les auteurs déclarent que les fragments proviennent du VIH?
Moi je déclare que les fragments proviennent de coronavirus de chauve-souris.
Et aux vues des résultats ces deux affirmations ont autant de force.

19/

En fait cet méthode (le BLAST) n’est pas du tout adapté quand on utilise de si petite séquence sur de si grande base de données (ici tout le taxon virus).
Le % de tomber sur des séquences homologue par hasard est beaucoup trop élevé.

20/

De plus dans la base de donnée utilisée (NCBI) on retrouve environ 6 millions de séquences de VIH contre 50k pour tout le taxon Coronaviridae (parce que le VIH est l’un des virus les plus étudié) ce qui augmente les chances de tomber sur une homologie avec le VIH.

21/

Pour preuve si je Blast une séquence de même taille que celles du papier (7-8 acides aminés) prise au hasard je vais probablement observer des homologies avec le VIH.

22/

Un fragment pris au hasard de la séquence de l’insuline humaine : CGSHLVE

Coucou l’homologie avec l’intégrase du VIH

23/

Un fragment prit au hasard de la séquence du récepteur a l’EGF humain : KNCTSIS

Coucou l’homologie avec la protéine d’enveloppe du VIH !

24/

Un fragment prit au hasard d’une protéine random de l’avocat (j’aime les avocat) : HKLKHHP

Coucou l’homologie avec le gag du VIH !

25/

En gros si on avait voulu confirmer l’idée préconçue que le coronavirus provient d’une manipulation humaine avec adjonction de séquence spécifique du VIH, on ne l’aurait pas mieux confirmer qu’en utilisant cette méthode…

26/

En fait cette méthode est tellement pas adapté a la question posée par les auteurs que si je introduis un si petit fragment issue d’une espèce X dans la séquence d’une protéine d’un virus Y ...

27/
... Vous ne serez jamais capable de retrouver l’espèce X en blastant le petit fragment contre l’ensemble des séquences connues protéiques du monde vivant.

28/

C’est un peu comme si j’introduisais un mot d’un livre X dans un autre livre Y et que je vous demandiez de retrouver le livre d’où vient le mot introduit à partir d’une recherche sur google books…

29/

C’est donc ce papier qui a fait dire à Luc Montagnier, prix nobel de médecine pour la découverte du VIH, que ce SARS_COV2 est probablement "un virus modifié par l’œuvre de biologiste moléculaire"…

...

EDIT 1 /

Première figure en meilleure qualité

EDIT 2 /

Au cas où le smiley facepalm ou la suite du thread n'était pas assez clair :

C'est archi carrément complètement du hasard...


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